運營新能源公交車是有運營補貼的，在2019年也能拿到運營補貼。根據車型的不同，單車每年能夠拿到2-8萬元不等的運營補貼。

2015年財政部、工信部和交通部聯合下發的文件中，明確了新能源公交車的運營補助，2015年至2019年期間，中央財政對達到新能源公交車推廣目標的省份，對已購買上牌、車型納入工信部“新能源汽車推廣應用工程推薦車型目錄”、年運營里程不低于3萬公里(含3萬公里)的新能源公交車以及非插電式混合動力公交車，按照其實際推廣數量給予運營補助。

具體的補貼標準為：純電動公交車，車長在6米(含6米)與8米之間的，每車每年補助4萬元；車長在8米(含8米)與10米之間的，每車每年補助6萬元；車長超過10米(含10米)的，每車每年補助8萬元。

車型為插電式混合動力(含增程式)公交車，車長在6米(含6米)與8米之間的，每車每年補助2萬元；車長在8米(含8米)與10米之間的，每車每年補助3萬元；車長超過10米(含10米)的，每車每年補助4萬元。

此外，燃料電池公交車每車每年補助6萬元，超級電容公交車以及非插電式混合動力公交車一律每車每年補助2萬元。

運營補助與購置補貼不同，運營補助是要由運營企業自主申報，經主管部門審核通過后，將補貼資金直接發放到經營者指定賬戶。

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